Moguću transcendentalnu, apsolutno prvu i posljednju zbilju, koju nazivamo Bogom, unutar prirodnih znanosti nije moguće utvrditi, analizirati ili njome manipulirati, stoga Bog unutar tih znanosti mora metodički ostati izvan razmatranja. Zato znanost neće nikada dokazati da Bog ne postoji. Bog nije poput nečeg što se može ili ne dogoditi ili postojati. S druge strane, Bog koji bi bio dokaziv, nužan, također bi u ontološkom smislu prestao biti Bog. Poznate su tako riječi Dietricha Bonhoeffera: “Bog kojeg ‘ima’, ne postoji”.
Drugi poznati protestantski teolog Paul Tillich u tom pogledu piše: “Pitanje o postojanju Boga se ne može ni postaviti niti se na njega može odgovoriti. To je pitanje o onome tko samom svojom prirodom postoji izvan postojanja, pa onda odgovor – bio negativan ili potvrdan – poriče prirodu Boga. Potvrditi ili poreći Boga je u jednakoj mjeri ateistički argument. Bog je bitak, a ne bit”.
Protagonist tzv. novog ateizma Christoper Hitchens u knjizi Bog nije velik tvrdi da “zahvaljujući teleskopu i mikroskopu, religija više ne pruža dokaze ni za što bitno”. No kršćanstvo u svojoj biti nikad nije ni bilo mišljeno kao dokaz ili objašnjenje bilo čega znanstvenog. Poznati britanski književni kritičar Terry Eagleton u knjzi Razum, vjera i revolucija zato kaže da je tvrditi ono što kaže Hitchens “jednako kao da kažemo kako zahvaljujući električnom tosteru možemo zaboraviti na Čehova“.
Život se ne dijeli između stvari koje se mogu dokazati izvan svake sumnje i slijepe vjere. To je staromodno scijentističko shvaćanje koje previđa da ono najzanimljivije ne upada ni u jedno od to dvoje. Posebno se to odnosi na Boga koji je temelj prirode, a ne njezin dio. Belgijski nobelovac Christian de Duve će zato s pravom kazati: “Ako netko želi biti ateist, mora razloge za to tražiti izvan znanosti.” (responder).